Në pajtim me punën e IShP-së dhe Ligjit të Mbrojtjes së Popullatës nga Sëmundjet Infektive, e në trend me diagnostifikimin laboratorik bashkëkohor, në repart funksionojnë laboratorët e mëposhtëm:

• Laboratori i infeksioneve respiratore.
• Laboratori i analizave serologjike – gjak, tamponë dhe analiza.
• Laboratori i infeksioneve urogjenitale; Laboratori i parazitologjisë
• Laboratori i infeksioneve enteropatogjene.
• Seksioni sanitar: Laboratori i ujit – analiza bakteriologjike e ujit nga ujësjellësi i qytetit, objektet publike dhe individuale dhe të ujësjellësit me kërkesë të palëve, pishinat, ujërat sipërfaqësore, liqene etj.
• Laboratori ushqimor.