Para themelimit në vitin 1993 si IShP, Enti i Mbrojtjes Shëndetësore, në përbërjen e ish Qendrës Mjekësore ekzistonte Shërbimi Higjieno-Epidemiologjik që mbulonte një pjesë të veprimtarisë së Qendrës aktuale. Me vendim të Kuvendit të Republikës së Maqedonisë në vitin 1993, Enti u bë Ent Rajonal i Mbrojtjes Shëndetësore, i cili aktivitetet e veta në fushën e kujdesit të specializuar parandalues shëndetësor i zhvillon në komunat e Kumanovës, Kriva Pallankës dhe Kratovës, e më pas edhe në komunat e sapoformuara të Likovës, Nagoriçanit të Vjetër dhe Rankovcës.

Në vitin 2010, IShP Institucioni i Mbrojtjes Shëndetësore Kumanovë u riemërua në IShP Qendra e Shëndetit Publik Kumanovë.

Organizimi i punës së qendrës bazohet në parimet e disponueshmërisë, racionalitetit, efikasitetit dhe vazhdimësisë së kujdesit shëndetësor.

Njësitë interne organizative përfaqësojnë njësi organizative dhe teknike për kryerjen e veprimtarisë së Qendrës.