Во согласност со работата на Ц.Ј.З. и законот за заштита на населението од заразни заболувања, а во тренд со современа лабораториска дијагностика во одделението функционираат следните лаборатории:

• Лабораторија за респираторни инфекции.
• Лабораторија за серолошки анализи – крв , брисеви и анализи.
• Лабораторија за урогенитални инфекции; Лабораторија за паразитологија.
• Лабораторија за ентеропатогени инфекции.
• Санитарен отсек: Лабораторија за води – бактериолошка анализа на води од градски водовод , јавни и индивидуални и водо-снабдителни објекти по барање на странки, базени, површински води , езера и други.
• 6.Лабораторија за храни.