Пред основањето во 1993 година како ЈЗУ Завод за здравствена заштита, во состав на тогашниот Медицински центар постоеше Хигиенско-Епидемиолошка служба која опгаќање еден дел од дејноста на сегашниот Центар. Со одлуката на собранитено на Р.Македонија во 1993 година Заводот станува Регионален завод за здравствена заштита кој своите активности од областа на специјализирана превентивна здравствена заштита ги извршува во општините Куманово, Крива Паланка и Кратово, а потоа и во новоформираните општини Липково, Старо Нагоричане и Ранковце.

Во 2010 година ЈЗУ Завод за здравствена заштита Куманово, се преименува во ЈЗУ Центар за јавно здравје Куманово.

Организацијата на работата на центарот се заснова врз начелата на достапност, рационалност ефикасност и континуираност на здравствената заштита.

Внатрешно организационите единици пресставуваат организационо техничка целина за вршење на дејноста на Центарот.

Центарот континуирано го усовршува процесот на работа во сите внатрепно организациони единици. На сите вработени во Центарот им е овозможено стручно усовршување: Специјализација, Курсеви по компјутерски науки, Курсеви по странски јазици, Учество на конгреси и симпоциуми во земјата и странство, како и учество на секциски состаноци.